Familia
Margot Frank

En mayo de 1940, las fuerzas armadas alemanas ocupan los Países Bajos y la vida de la comunidad judía de Ámsterdam se vuelve cada vez más restringida y peligrosa. También aquí, en otoño de 1941, las alumnas y alumnos judíos son segregados: Margot y Anne se cambian al liceo judío.

A principios del verano de 1942 comienza la deportación sistemática de los judíos de los Países Bajos. Margot es una de las primeras en recibir, el 5 de julio de 1942, una citación para «trabajar en Alemania». La citación es obligatoria y significa que debe separarse de la familia y ser deportada a un campo de concentración. Otto y Edith tienen bien claro lo que eso significa y actúan de inmediato: al día siguiente, los Frank se esconden en la parte trasera del edificio de la empresa de Otto Frank.

Margot tiene dieciséis años cuando la familia se muda al escondite. Junto con Anne, sus padres, la familia van Pels y Fritz Pfeffer, pasan más de dos años en la casa de atrás, protegidos y cuidados por antiguos empleados y empleadas de Otto Frank. La vida cotidiana es estricta, ya que se rige por la jornada laboral del almacén de especias situado debajo del escondite: durante las horas de trabajo no puede hacerse ningún ruido. Margot y Anne estudian con ahínco para poder continuar con su formación cuando recuperen la libertad. Por las tardes, también ayudan en tareas de oficina. Al principio las niñas comparten una recámara, pero una vez que se les une Fritz Pfeffer, Margot duerme en la habitación de sus padres.

Anne describe a su hermana Margot sobre todo en las primeras páginas de su diario, con una cierta distancia, y subraya las diferencias entre ellas: 

Para Anne, Margot tiene un carácter parecido al de su madre Edith, rara vez pierde el control, es disciplinada e inteligente. A Anne, que adora el teatro y el cine y se imagina convertida en escritora, le cuesta entender las metas más bien modestas de su hermana, que quiere ser enfermera de maternidad en Palestina cuando termine la guerra.

Anne sufre cuando siente que su padre prefiere a Margot:

Sin embargo, en el diario también se suceden episodios en los que se pone de manifiesto la cercanía de las dos hermanas, como cuando se acuestan juntas bajo una manta a leer. La relación cambia sobre todo durante el segundo año en el escondite: Anne empieza a abrirse a Margot y encuentra en ella una aliada, que se alegra del enamoramiento de su hermana pequeña con Peter van Pels.

También Margot lleva un diario durante su vida en clandestinidad, pero nunca se lo ha encontrado.

El 4 de agosto de 1944, el Oberscharführer de las SS, Karl Silberbauer, y miembros neerlandeses del Servicio de Seguridad nazi irrumpen en el escondite y detienen a sus ocho ocupantes. Los llevan al campo de tránsito de Westerbork y un mes después, en el último tren que sale de Westerbrok, los deportan al campo de concentración de Auschwitz-Birkenau. Tras un viaje de tres días en vagones de ganado, las mujeres son separadas de los hombres al llegar a Auschwitz. Margot y Anne permanecen con su madre durante las primeras ocho semanas. Cuando Anne es trasladada a lo que se conoce como el pabellón de la sarna, Margot la acompaña.
 

Entre finales de octubre y principios de noviembre, las niñas son separadas de su madre y transportadas al campo de concentración de Bergen-Belsen, donde no hay espacio para tantos nuevos prisioneros. Margot y Anne duermen en tiendas de campaña que no resisten las tormentas de invierno, y apenas reciben comida. Pasan el día arrancando las suelas de zapatos viejos. Ambas están débiles y tienen mucha fiebre; yacen una al lado de la otra en el pabellón de enfermos. Margot muere primero, Anne muere unos días después. Se cree que mueren a finales de febrero de 1945, como consecuencia del tifus.